Ο Όσιος Νικόλαος ο Ομολογητής γεννήθηκε στην Κυδωνία της Κρήτης το 792 μ.Χ. και εκεί διδάχτηκε τα πρώτα γράμματα. Σε νεαρή ηλικία οι γονείς του τον έστειλαν στην Κωνσταντινούπολη στο θείο του Θεοφάνη, που ήταν μοναχός στην περιώνυμη Μονή του Στουδίου, όπου έγινε και αυτός μοναχός.
Στην ησυχία της Μονής, ο Νικόλαος είχε την ευκαιρία να λάβει μεγάλη θεολογική και φιλολογική παιδεία και να αναδειχθεί σε έναν από τους ταχυγράφους της εποχής του.
Την περίοδο της εικονομαχίας, η Μονή Στουδίου και οι μοναχοί της, υπέστησαν μεγάλες διώξεις για την προσήλωσή τους στον αγώνα υπέρ των αγίων εικόνων.
Την ίδια βέβαια τύχη είχε και ο Νικόλαος, γι’ αυτό και επονομάστηκε Ομολογητής.
Με τη λήξη της εικονομαχίας (847 μ.Χ.), ο Νικόλαος εξελέγη ηγούμενος της Μονής. Λίγο αργότερα, το 850 μ.Χ., παρατίθεται και το 859 μ.Χ. ίδρυσε το μοναστήρι του Κονορωβίου βοηθούμενος από κάποιον πλούσιο και ευσεβή που ονομαζόταν Σαμουήλ.
Αλλά και από εδώ τον παρέσυραν οι εκκλησιαστικές ερίδες μεταξύ των οπαδών των Πατριαρχών Ιγνατίου και Φωτίου. Μετέβη λοιπόν, από εδώ στην Προικόνησο, μετά στη Μυτιλήνη και στη συνέχεια στο Εξαμίλι της Θρακικής Χερσονήσου, απ’ όπου οδηγήθηκε με συνοδεία φρουράς, το έτος 866 μ.Χ., ως αιχμάλωτος κατά κάποιο τρόπο, στη μονή Στουδίου.
Το επόμενο έτος ο αυτοκράτορας Βασίλειος ο Α’ (867 – 886 μ.Χ.) και ο Πατριάρχης Ιγνάτιος, κατά τη δεύτερη πατριαρχεία του (867 – 877 μ.Χ.), προσέφεραν στον πολυπαθή Όσιο την ηγουμενία της μονής Στουδίου. Εκείνος, λυπούμενος για την ακαταστασία της εποχής, αρνήθηκε.
Ο όσιος Νικόλαος κοιμήθηκε με ειρήνη στις 4 Φεβρουαρίου του 868 μ.Χ. και το τίμιο λείψανό του κατατέθηκε κοντά στα ιερά σκηνώματα των ενδόξων Στουδιτών Ναυκρατίου και Θεοδώρου.