Η Αγία Βαρβάρα βρίσκεται 30 χλμ νοτιοδυτικά του Ηρακλείου, σε υψόμετρο 580μ. και αποτελεί, εκτός των άλλων, σταυροδρόμι για την Πεδιάδα της Μεσαράς και για τα νότια βουνά του Ψηλορείτη. Για τον λόγο αυτό υπήρχε και το Χάνι που βλέπουμε για να εξυπηρετεί τους τότε ταξιδιώτες που περνούσαν με τα άλογα ή τα μουλάρια τους.
Παλιά ανήκε στην Επαρχία Μονοφατσίου. Τώρα υπάγεται στο Δήμο Γόρτυνας στην περιφερειακή ενότητα Ηρακλείου.
Ο κεντρικός ναός είναι αυτός που έδωσε και το όνομα στο χωριό. Εξίσου σημαντικός είναι ο παλιός ναός αλλά και οι βυζαντινές εκκλησίες του Προφήτη Ηλία, του Αγίου Ιωάννη και του Αγίου Γεωργίου, όπως επίσης και το παλαιό μοναστήρι της Αγίας Πελαγίας.
Η παράδοση λεει πως η Αγία Βαρβάρα είναι το μέσο σημείο, «φάλι της Κρήτης». Η παράδοση λέει ότι, ξεκινήσανε δυο παπάδες ο ένας από τη Σητεία και ο άλλος από τα Χανιά για να μοιράσουνε την Κρήτη. Αφού περπατήσανε αρκετά συναντηθήκανε στην Αγ. Βαρβάρα.Κουρασμένοι και ιδρωμένοι από την πεζοπορία κάθισαν να ξεκουραστούν. Τότε έβγαλε ο ένας παπάς το καλυμμαύχι του το πέταξε κατά γης και είπε «επαέ είναι το κέντρο της Κρήτης, επαέ είναι το φάλι της Κρήτης, επαέ βάνω κι εγώ το σύνορο». Και το καλυμμαύχι του παπά έγινε βράχος μεγάλος, σύνορο σταθερό στην είσοδο του χωριού και ορίζει το κέντρο της Κρήτης. Πάνω του κτίστηκε το εκκλησάκι του Προφήτη Ηλία, από τον Αλέξανδρο Σακλαμπάνη το 1933, για να μην μπορέσει κανείς να χαλάσει αυτό το σύνορο.
Η στρατηγικής σημασίας θέση που κατέχει το χωριό από άποψη γεωγραφική, στοίχισαν στην περιοχή σε μάχες και εχθροπραξίες, ιδίως κατά την Επανάσταση του 1821. Έπειτα από την άλωση της Κρήτης από τους Τούρκους, η Αγία Βαρβάρα παραχωρήθηκε στον Αχμέτ Πασά Κιοπρουλί. Ο τελευταίος την αφιέρωσε στο Βεζίρ Τζαμί (Άγιος Τίτος) του Χάνδακα. Εκεί γεννήθηκε ο αγωνιστής Μαθιός Καμπιτάκης, που βρήκε το θάνατο μαζί με το Γεωργ.Καραϊσκάκη στο Φάληρο. Άξιος απόγονός του ο γιος του «Καμπιτονικολής» που πιάστηκε αιχμάλωτος στη μάχη της Σφακτηρίας, το 1825 και πέθανε στις φυλακές της Αιγύπτου. Ο οπλαρχηγός Καμπιτογιάννης επίσης, συνεργάτης του καπετάν Μ. Κόρακα.
Αρκετοί αυτοί που άφησαν την τελευταία τους πνοή στα πεδία των μαχών τόσο στη Μικρά Ασία όσο και κατά τον Αλβανικό πόλεμο. Κατά τη Γερμανική κατοχή, παρέμεινε στην Αγ. Βαρβάρα, για ενάμιση χρόνο μονάδα πεζικού του Γερμανικού στρατού. Επίσης λειτούργησε η μεγαλύτερη Νοσοκομειακή μονάδα των Βαλκανίων για την περίθαλψη των Γερμανών τραυματιών, μάλιστα για την μεταφορά των τραυματιών κατασκευάστηκε στη θέση «Ρουσά» αεροδρόμιο για μικρά σκάφη. Την περίοδο αυτή, πλήρωσαν με τη ζωή τους, τη συγκρότηση ομάδας αντίστασης, πολλοί Αγιοβαρβαρίτες.
Το χωριό αναφέρεται σε όλες τις ενετικές απογραφές του 16ου (και στον Καστροφύλακα) και 17ου αιώνα. Στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834, το βρίσκουμε με 40 οικογένειες. Το 1881 ανήκει στο δήμο Μεγάλης Βρύσης και αριθμεί 450 κατοίκους. Το 1925 έγινε κοινότητα και έκτοτε παρουσίασε πληθυσμιακή αύξηση.
Το χωριό κατοικείται από τα παλιά τα χρόνια, ίσως από την περίοδο της Μινωϊκής εποχής. Από τις παλιές εκκλησίες της περιοχής (Άη Γεώργης ο Χωστός, Αγ. Πελαγία, παλιά Αγ. Βαρβάρα κ.ά.) προκύπτει ότι κατοικείται σίγουρα τα τελευταία 1000 χρόνια. Γραπτά στοιχεία έχουμε από το 1577 από τον Fr. Barozzi. Το 1583 αναφέρεται από τον Καστροφύλακα SANTA BARBARA.
Το 1671 παραχωρείται σαν δώρο στον Κιουπρουλή Αχμέτ Πασά, που την παραχωρεί με τη σειρά του στο Βεζίρ Τζαμί, σημερινό Άγιο Τίτο. Το 1823 στρατοπέδευσε στην Αγία Βαρβάρα ο Χουσείν Μπέης με 12.000 στρατιώτες, για να καταπνίξει την επανάσταση στην περιοχή. Οι Αγιοβαρβαρίτες εγκατέλειψαν το χωριό. Στις 20 Αυγούστου ξεκίνησαν αψιμαχίες από την Αγία Βαρβάρα και εξελίχτηκαν σε σφοδρή μάχη στις Αμμουργέλες στους πρόποδες του «Κουδουνιού» με ήττα των χριστιανών. Το 1866 οι Τούρκοι κατέστρεψαν το χωριό. Το 1881 η Αγ. Βαρβάρα αναφέρεται στο Δήμο Μεγάλης Βρύσης, ενώ από το 1920 αναφέρεται με δική της Κοινότητα.
Σήμερα η Αγία Βαρβάρα είναι μια σύγχρονη κωμόπολη, με οργανωμένες υπηρεσίες, για την εξυπηρέτηση των κατοίκων, αλλά και των επισκεπτών της. Διαθέτει Δημαρχείο, Κέντρο Υγείας για την Πρωτοβάθμια περίθαλψη των κατοίκων της ευρύτερης περιοχής, Ταχυδρομικό Ταμιευτήριο, Υποκαταστήματα της Αγροτικής και της Συνεταιριστικής Τράπεζας, Λύκειο, Γυμνάσιο, 12/θεσιο Δημοτικό Σχολείο, δύο 2/θεσια Νηπιαγωγεία και Παιδικό σταθμό. Πολλά τα εμπορικά καταστήματα και οι βιοτεχνίες. Από τα μέλη του Γυναικείου Συνεταιρισμού «Εργάνη», κατασκευάζονται παραδοσιακές κρητικές στολές. Πλούσια η δράση του Περιβαλλοντικού Συλλόγου με αρκετές παρεμβάσεις για την προστασία του περιβάλλοντος.
