Ο ναός του Αγίου Πέτρου Μάρτυρα είναι το μοναδικό λείψανο της ομώνυμης μονής του Τάγματος των Δομηνικανών, που ιδρύθηκε πριν από το 1228 στο ΒΔ άκρο της εντός των παλαιών τειχών πόλης, κοντά στην Εβραϊκή Συνοικία.
Η σημερινή μορφή του ναού του Αγίου Πέτρου οφείλεται στην ευρείας κλίμακας αναστήλωση που δέχτηκε μεταξύ των ετών 2007 και 2009, αφού προηγουμένως το μνημείο παρέμενε επί δεκαετίες ασκεπές.
Ο ναός Πέτρου και Παύλου χτίστηκε κατά τους πρώτους χρόνους της ενετικής κυριαρχίας ως καθολικό της μονής του τάγματος των Δομηνικανών και αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μνημεία αρχιτεκτονικής των Κιστερκιανών μοναχών
του 12ου αιώνα.
Βρίσκεται δίπλα στο θαλάσσιο τείχος, μεταξύ του ενετικού λιμανιού και της πύλης Δερματά, στη σημερινή παραλιακή λεωφόρο Σοφοκλή Βενιζέλου.
Την περίοδο της ενετοκρατίας στον ναό γίνονταν ταφές επιφανών Ενετών, ενώ κατά την οθωμανική κυριαρχία μετατράπηκε σε τέμενος αφιερωμένο στη μνήμη του σουλτάνου Ιμπραήμ.
Μέχρι τον 15ο αι. στον αρχικά μονόκλιτο και ξυλόστεγο ναό, γοτθικού χαρακτήρα, ιδρυμένου προς τιμήν του καθολικού Αγίου Πέτρου της Αραγωνίας, προστέθηκαν τέσσερα παρεκκλήσια με μοναδικές τοιχογραφίες, που διατηρούνται μέχρι σήμερα στο ένα από αυτά.
Ο Άγιος Πέτρος των Καθολικών, (αγιοποιήθηκε από τον Πάπα στην περίοδο των Σταυροφοριών) άγνωστος στους Ορθόδοξους κατοίκους του Χάνδακα, έγινε Άγιος Πέτρος και Παύλος στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, όταν πλέον δεν υπήρχαν καθολικοί,
τότε δε κατασκευάσθηκαν όλα τα παράθυρα και ανοίγματα του Βόρειου τοίχου.
Όσον αφορά όμως το Νότιο μισό, το εσωτερικό και τα παρεκκλήσια της Νότιας πλευράς είναι καθαρών Γοτθικών επιρροών του 13ου – 15ου αι. και μαζί με τον Άγιο Νικόλαο Σπλάντζιας Χανίων, θεωρούνται τα δύο σημαντικότερα ιδρύματα Καθολικών, στο νησί, γοτθικού χαρακτήρα, με ιδιαίτερα τολμηρές καινοτομίες.
Από τον 14ο έως και τον 18ο αι.
το κτίριο καταστράφηκε επανειλημμένα από σεισμούς, πιθανόν, εξαιτίας της τολμηρής αρχιτεκτονικής του και των μεγάλων του διαστάσεων.
Τα τρία παρεκκλήσια στο νότιο τοίχο του κυρίως ναού προστέθηκαν σταδιακά, στο διάστημα από το 14ο ως το 15ο αιώνα.
Η τετράγωνη βάση που διατηρείται στη ΒΔ πλευρά σημειώνει τη θέση του αρχικού κωδωνοστασίου, το οποίο αντικαταστάθηκε από μιναρέ μετά τη μετατροπή του ναού σε τέμενος του Σουλτάνου Ιμπραήμ το 1671.
Το κτήριο ανήκει σήμερα στην ενορία του Αγίου Δημητρίου Λιμένος.
Μετά από αναστήλωση τόσο του καθολικού όσο και των προσκτισμάτων
(τελείωσε το 2012), ο ναός κηρύχθηκε οργανωμένος αρχαιολογικός χώρος της Βυζαντινής Εφορείας και λειτουργεί επετειακά
Πηγή: Ο χαρισματικός Γέροντας των Λιμνών Εφραίμ Χατζηπατέρας (1836-1909) – Νίκη Αρναουτάκη
