Γεννήθηκε τον Νοέμβριο του 1947 στο χωριό Ζαρός Καινουρίου του Νομού Ηρακλείου. Πατέρας του o Γεώργιος Καρπουτζάκης και μητέρα του η Πελαγία Καρπουτζάκη -Σαλούστρου. Έκαναν έξι παιδιά την Θεονύμφη, τον Μιχάλη, τον Γιάννη,την Κατίνα, τον Μανόλη και τον Νίκο. Ήταν το πέμπτο παιδί της οικογένειας!
Από πολύ μικρός είχε πάθος για την λύρα και τη μουσική .Τα πρώτα του ακούσματα ήταν από τους λυράρηδες και λαουτιέρηδες του χωριού του. Όταν πήγαινε στην πρώτη δημοτικού σε ηλικία 7 χρονών ο πατέρας του, του έφτιαξε μια μικρή λύρα και ένα δοξάρι από τρίχες αλόγου και έτσι ξεκίνησε το υπέροχο μαγικό ταξίδι του Μανόλη -Καρπουζακη με την κρητική μουσική.
Στα πρώτα βήματα του είχε βοηθό το δάσκαλο του σχολείου του που στα διαλείμματα του έκανε μαθήματα γιατί έβλεπε τη φωτιά που έκαιγε μέσα του για την μουσική και την λύρα. Ο αδερφός του Γιάννης του αγόρασε όταν ήταν 10 χρονών την λεγόμενη βροντόλυρα που είναι η γνήσια Μεσσαρίτικη λύρα με τέσσερις χορδές . Η σημερινή κρητική λύρα έχει τρείς χορδές και ο Μανόλης Καρπουζάκης είναι από τους λίγους λυράρηδες που ξέρουν να παίζουν και με τρίχορδη και με τετράχορδη λύρα. Στα γλέντια συνήθιζε να παίζει με βιολόλυρα ( και είναι αυτοδίδακτος). Εκτός από λύρα ήξερε να παίζει λαούτο-μπουζούκι-κιθάρα-χαμπιόλι -μαντολίνο και τουμπερλέκι.
Του άρεσε να σκαλίζει και να δουλεύει το ξύλο, έφτιαχνε πολύ καλόηχες λύρες με τις οποίες επέλεγε να παίζει στα γλέντια. Οι δουλειές που έκανε μέχρι να καταφέρει να αφιερωθεί στη μουσική ήταν πολλές και δύσκολες κυρίως όμως έμαθε την τέχνη του πετρά και του σοβατζή γιατί προερχόταν από οικογένεια με παράδοση σ΄ αυτή την δουλειά. Το πρώτο γλέντι που έπαιξε ήταν στο χωριό Λούρες στο Νομό Ηρακλείου με λαουτιέρη τον Γιάννη Αποστολάκη. Ήταν 13 χρονών και φορούσε ακόμα κοντά παντελόνια. Με τα χρήματα που πήρε τότε έραψε το πρώτο του κουστούμι.
Από τότε έπαιξε σε ατελείωτα γλέντια με συνεργάτες τους παρακάτω καλλιτέχνες : Καραντινός Κ.-Ταμιωλάκης Γ.- Κοτζαμπασάκης Μ.- Κοκαράκης Α.- Σαλούστρος Π.- Κρουσανιωτάκης Γ. – Παπατσαράς Μ.- Πετσάκης Γ. – Αλεφαντινός Ν. – Ζαμπουλάκης Γ. – Λαρεντζάκης Μ.- Φουκάκης Δ.- Τσαφαντάκης Β.- Γιατρομανολάκης Ν.- Κακλής Μ.- Νενεδάκης Μ.-Σαλούστρος Α.-Σαλούστρος Β.-Σκουλάς Δ.- Πατενταλάκης Ν. – Γιαννακάκη Ε.-Γρηγοράκη Ε.-Χρονάκη Σ.- Γιαμπουλάκης Λ. και πληθος άλλων γνωστών καλλιτεχνών .
Το 1965 η δισκογραφική εταιρεία ΠΑΝΙΒΑΡ ανακαλύπτει τον νεαρό και ταλαντούχο Μανόλη Καρπουζάκη, έτσι το 1966 κυκλοφορεί η πρώτη του δισκογραφική δουλειά, δίσκος 45 στροφών με τίτλο “Στης δυστυχίας τις στιγμές” με δυο τραγούδια, ένα συρτό από την μια πλευρά και κοντυλιές από την άλλη, ακολουθούν άλλοι 5 δίσκοι 45 στροφών.
Στη συνέχεια θα υπάρξει τόσος μεγάλος πλούτος ιδεών ώστε μέχρι σήμερα το έργο του φτάνει στις 102 προσωπικές δισκογραφικές δουλειές και 30 συμμετοχές σε δίσκους άλλων καλλιτέχνων. Από το 1966 μέχρι και το 1982 συνεργάστηκε με την εταιρεία ΠΑΝΙΒΑΡ στην οποία κυκλοφόρησαν 55 έργα του σε δίσκους και ζωντανές ηχογραφήσεις σε κασέτες. Από το 1982 και μετά συνεργάστηκε με την εταιρεία ΚΡΕΤΑΦΩΝ στην οποία κυκλοφόρησαν τα υπόλοιπα έργα του. Επίσης συνεργάστηκε με τον μουσικό κ. Ρενιέρη παίζοντας λύρα σε δυο δουλειές του με τραγουδίστρια την Μαρίνα του ελαφρού λαϊκού τραγουδιού.
Το 1972 ηχογραφεί δίσκο για τις μαθήτριες που πνίγηκαν στην Γεωργιούπολη και για τα άτομα που σκοτώθηκαν όταν έπεσε το λεωφορείο στην Καλαμαύκα της Ιεράπετρας. Το 1975 επίσης έκανε δίσκο στην Γερμανία στο Ντίσελντορφ.
Το 1976 έκανε τρεις δίσκους στο Πίτσμπουρκ των Η.Π.Α. όταν έπαιξε στο Κομβέσιο Κρητών. Το 1981 ηχογράφησε ένα δίσκο στο Σίδνεϋ της Αυστραλίας όπου είχε πάει για τους χορούς της Παγκρητικής. Επίσης είχε πάει στην Νέα Ζηλανδία για να παίξει στον σύλλογο Κρητών. Το όνομα του γράφτηκε στο προξενείο σαν του πρώτου λυράρη που πήγε εκεί. Είχε παίξει πολλές φορές στην Ευρώπη, στην Κύπρο αλλά και σε όλη την Ελλάδα οπουδήποτε υπήρχε σύλλογος Κρητών.
Επίσης ασχολήθηκε ιδιαίτερα και με την δημοτική μουσική της Ελλάδος. Το 1962 έπαιξε στο Ηράκλειο στο μαγαζί με το όνομα ΚΑΝ – ΚΑΝ για δυο χρόνια (ήταν ο πρώτος που έπαιξε εκεί σαν επαγγελματίας εκείνα τα χρόνια), με συνεργάτες τον Αλέκο Κοκαράκη και τον Κώστα Ζαχαρόπουλο. Το 1973 – 1974 έπαιξε για πρώτη φορά στο Κέντρο ΑΡΕΤΟΥΣΑ στην Αθήνα και συνέχισε και σε άλλα κέντρα όπως το ΚΟΝΑΚΙ και ΖΟΡΜΠΑΣ. Επίσης έπαιξε σε μαγαζιά στο Ηράκλειο όπως το ΠΑΓΚΡΗΤΙΟ, ΚΑΣΤΡΟ, ΑΡΕΤΟΥΣΑ, ΛΥΡΑ, ΡΙΖΙΤΙΚΑ κ.α.
Ήταν σπουδαίος δάσκαλος της λύρας, αν και αυτοδίδακτος, χωρίς πανεπιστημιακή μουσική παιδεία, δίδασκε με ευκολία την τέχνη του δοξαριού και της λύρας. Είχε δημιουργήσει μάλιστα ένα δικό του πεντάγραμμο και δίδασκε με μοναδικό και κατανοητό τρόπο τα πατήματα της λύρας και του μαντολίνου.
Ήταν παντρεμένος με την Ελένη Μπαμπιωνιτάκη το γένος Φιτσάκη από το Πετροκεφάλι της Μεσαράς και έχει δυο παιδιά τον Γιώργο και την Ειρήνη και τρία εγγόνια την Ελένη, το Γιάννη και την Βασιλεία .
Ήταν επίσης από τα ιδρυτικά μέλη του Παγκρητίου Συλλόγου Καλλιτεχνών Κρητικής Μουσικής όπου και διατέλεσε αντιπρόεδρος τα έτη 1994 έως 1997.
Πέθανε στις 6 ΙΟΥΛΙΟΥ 2011 σε ηλικία 64 χρονών .
