Παραλιακός οικισμός του Δημοτικού Διαμερίσματος Πηγαϊδακίων του Δήμου Φαιστού. Βρίσκεται σε υψόμετρο 10μ. και ανατολικά του ακρωτηρίου Λίθινον. Είναι ένας από τους λίγους όρμους στα παράλια της νότιας Κρήτης που είναι ασφαλής.
Η ονομασία είναι πανάρχαια αφού αναφέρεται στις Πράξεις των Αποστόλων.
Ιστορικά το έτος 60 μ.Χ. μετέφεραν τον Απόστολο Παύλο στην Ρώμη για να τον δικάσουν και το πλοίο σταμάτησε στους Καλούς Λιμένες. Η πορεία τους προς τους Καλούς Λιμένες δεν ήταν στα σχέδια του πλοιάρχου, ήταν όμως αναγκαστική καθώς λόγω βορειοδυτικών ανέμων παρασύρθηκαν από την αρχική πορεία τους και αναγκάστηκαν να αγκυροβολήσουν εκεί. …ήλθομεν εις τόπον τινά καλούμενον Καλούς Λιμένες (Πράξεις των Αποστόλων 27,8).
Στο χώρο των Καλών Λιμένων υπήρχε βασιλική των πρώτων χριστιανικών χρόνων στο χώρο της οποίας κτίστηκε το 1911 εκκλησία αφιερωμένη στον Απόστολο Παύλο. Η εκκλησία ανεγερθεί από τον Πομπιανό Κ. Καρτεράκη και τη σύζυγό του Μαρία: «Ἀνηγέρθη οὗτος ὁ ναός δαπάνῃ Κ. Καρτεράκη καί τῆς συζύγου αὐτοῦ Μαρίας…1911». έγραφε η σχετική επιγραφή. Αργότερα η εκκλησία πήρε τη σημερινή της μορφή…Την περιοχή των Καλών Λιμένων επισκέφτηκε για πρώτη φορά στις 15 Νοεμβρίου 1992 ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος ο Α΄, καθώς και τη σπηλιά που υπάρχει δίπλα από το ναό και στην οποία σύμφωνα με την παράδοση διέμενε ο Απόστολος των Εθνών.
Οι Καλοί Λιμένες παρείχαν προστασία στα διαπλέοντα πλοία από βόρειους και βοριοδυτικούς ανέμους και για το λόγο αυτό ήταν αγκυροβόλιο για τα εμπορικά πλοία που έκαναν μεγάλα ταξίδια.
Στα χρόνια της Βενετοκρατίας από τους Καλούς Λιμένες γινόταν λαθρεμπόριο από ξένα πλοία το λόγο αυτό ο Βασιλικάτα συνιστά στην έκθεσή του (βλ. Μνημεία Κρητ. Ιστ. ν, σ.17 και πίνακα 44), να γίνει ένα φρούριο για την προστασία τού όρμου, που είναι ασφαλισμένο αγκυροβόλιο για 10 γαλέρες και 20 άλλα πλοία.
Ένα σημαντικό γεγονός για την περιοχή καταγράφεται το 1644. Μαλτέζοι πειρατές κατάλαβαν κοντά στην Κάρπαθο τούρκικα πλοία, που μεταφέρανε στη Μέκκα για προσκύνημα την ευνοούμενη τού σουλτάνου Ιμπραχίμ. Την πλούσια λεία των πούλησαν στους Καλούς Λιμένες και αποβίβασαν και τα άλογα, που ήταν στα τούρκικα καράβια. Αυτό ήταν μια δήθεν αφορμή να κηρύξουν τον επόμενο χρόνο 1645 τον πόλεμο, γι την κατάκτηση τής Κρήτης. Γιατί, κατά την τουρκική παράδοση, ο τόπος που θα πατήσουν τούρκικα άλογα ανήκει στην Τουρκία!
Η περιοχή των καλών Λιμένων στα χρόνια της Τουρκοκρατίας αποτέλεσε χώρο δράσης αλλά και φύλαξης των χαήνιδων των Μεσαρίτικου κάμπου.
Στις 9 Φεβρουαρίου 1897 φτάνει στον όρμο των Καλών Λιμένων το πλοίο «ΑΡΓΟΛΙΣ» με τον Αριστοτέλη Κόρακα και 350 εθελοντές. Μετέφεραν πολύτιμο φορτίο: 3000 όπλα τύπου «Γρα» και χιλιάδες σφαίρες, καθώς και μεγάλη ποσότητα ξηράς τροφής. Ο οπλισμός αυτός έπαιξε σημαντικό ρόλο στην επανάσταση της χρονιάς αυτής, αλλά και στις τελευταίες μάχες για την απελευθέρωση της Κρήτης.
Επί Κρητικής Πολιτείας στους Καλούς Λιμένες υπήρχε έδρα υποτελωνείου, υπαγομένου σεις το τελωνείο Χερσονήσου. Όπως αναφέρει ο Ντουκάκης το 1903 (Κρητική Χωρογραφία) οι νησίδες των Καλών Λιμένων ήταν ακατοίκητες και χρησίμευαν ως καταφύγιο του χριστιανικού πληθυσμού τον καιρό των επαναστάσεων.
Ο οικισμός αναφέρεται για πρώτη φορά στην απογραφή του 1920. Ανήκει στον Αγροτικό Δήμο Πηγαϊδακίων και έχει 22 άρρενες κατοίκους. Το 1928 στην κοινότητα Πηγαϊδακίων, ενώ το 1940 δεν κατοικείται. Το 1951 έχει 24 κατ. και το 1961 έχει 48 κα. Το 1971 ο πληθυσμός των φτάνει τους 184 κατ. για να πέσει το 1981 στους 75 κατ. Σύμφωνα με την απογραφή του 1999 οι κάτοικοι του ανέρχονται σε 160 και το 2001 σε 51 . Τέλος το 2011 καταγράφονται 25 κάτ.
Λίγο πιο ανατολικά από τους Καλούς Λιμένες , είναι τα ερείπια της αρχαίας πόλης Λασαίας ηοποία άκμασε στα ρωμαϊκά χρόνια και ήταν λιμένας της Γόρτυνας. Η πόλη αυτή αναφέρεται στο ρωμαϊκό νόμισμα ως Θάλασσα και αλλού με τα ονόματα Άλασα και Λασός.
