Η ονομασία των Καλών Λιμένων είναι πανάρχαια, αφού αναφέρεται στις Πράξεις των Αποστόλων.
Ιστορικά το έτος 60 μ.Χ. μετέφεραν τον Απόστολο Παύλο στην Ρώμη για να τον δικάσουν και το πλοίο σταμάτησε στους Καλούς Λιμένες. Η πορεία τους προς τους Καλούς Λιμένες δεν ήταν στα σχέδια του πλοιάρχου, ήταν όμως αναγκαστική καθώς λόγω βορειοδυτικών ανέμων παρασύρθηκαν από την αρχική πορεία τους και αναγκάστηκαν να αγκυροβολήσουν εκεί. …ήλθομεν εις τόπον τινά καλούμενον Καλούς Λιμένες (Πράξεις των Αποστόλων 27,8).
Στο χώρο των Καλών Λιμένων υπήρχε βασιλική των πρώτων χριστιανικών χρόνων στο χώρο της οποίας κτίστηκε το 1911 εκκλησία αφιερωμένη στον Απόστολο Παύλο.
Η εκκλησία ανεγερθεί από τον Πομπιανό Κ. Καρτεράκη και τη σύζυγό του Μαρία: «Ἀνηγέρθη οὗτος ὁναός δαπάνῃ Κ. Καρτεράκη καί τῆς συζύγου αὐτοῦ Μαρίας…1911». έγραφε η σχετική επιγραφή. Αργότερα η εκκλησία πήρε τη σημερινή της μορφή…
Την περιοχή των Καλών Λιμένων επισκέφτηκε για πρώτη φορά στις 15 Νοεμβρίου 1992 ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος ο Α΄, καθώς και τη σπηλιά που υπάρχει δίπλα από το ναό και στην οποία σύμφωνα με την παράδοση διέμενε ο Απόστολος των Εθνών.
Οι Καλοί Λιμένες παρείχαν προστασία στα διαπλέοντα πλοία από βόρειους και βορειοδυτικούς ανέμους και για το λόγο αυτό ήταν αγκυροβόλιο για τα εμπορικά πλοία που έκαναν μεγάλα ταξίδια.
