Η σημαία της «Κρητικής Πολιτείας» βασίζονταν σε μια παραλλαγή της ελληνικής σημαίας του 1822. Τα τρία γαλάζια τεταρτημόρια, συμβόλιζαν την χριστιανική-ελληνική πλειοψηφία της Κρήτης. Το πρώτο όμως από τα τεταρτημόρια (χρώματος ερυθρού, το οποίο αποδίδεται στην μουσουλμανική-τουρκική μειονότητα) το οποίο απεικόνιζε το λευκό αστέρι, συμβόλιζε και δήλωνε την υψηλή επικυριαρχία του Σουλτάνου στο νησί (και όχι έτσι απλά την μουσουλμανική-τουρκική μειονότητα ή «το κρητικό αίμα που χύθηκε στους αγώνες», όπως, είτε σκοπίμως είτε από άγνοια υποστηρίζουν με παρρησία αρκετοί).
Θα πρέπει να τονιστεί εδώ, ότι ουδέποτε υπήρξε ανεξάρτητο κράτος της Κρήτης, αλλά μια (ημι)αυτόνομη και πλήρως ελεγχόμενη περιοχή από τις Μεγάλες Δυνάμεις.
Ως εκ τούτου, η σημαία δεν συμβόλιζε την ανεξάρτητη Κρήτη (όπως δυστυχώς, λανθασμένα πιστεύουν πολλοί και την αναρτούν με «υπερηφάνεια»), αλλά την υποταγή στην Οθωμανική Πύλη, καθώς το νησί εξακολουθούσε να αποτελεί εδαφικό τμήμα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.
Επιπλέον, η συγκεκριμένη σημαία, ουδέποτε αποτέλεσε αγωνιστικό λάβαρο ή επαναστατικό σύμβολο που καθιερώθηκε από τους Κρήτες, αλλά ήταν μια επινόηση των Μεγάλων Δυνάμεων και του Σουλτάνου (το αστέρι μπήκε μετά από δική του απαίτηση).
Η σημαία λοιπόν της Κρητικής Πολιτείας, πέραν της όποιας ιστορικής σημασίας και παρουσίας της στην νεότερη ιστορία, δεν αποτελεί ένα σύμβολο το οποίο θα πρέπει να δημιουργεί «ρίγη» συγκίνησης και συναισθήματα «υπερηφάνιας», σε κανέναν Έλληνα και πολύ περισσότερο σε κανέναν Κρητικό.
Θα πρέπει δε, να σημειωθεί εδώ, ότι εκτός του ότι η σημαία της Κρητικής Πολιτείας αναρτούνταν (υποχρεωτικά) μόνο στα «κυβερνητικά» κτήρια και «δημόσιες» υπηρεσίες (οι γνήσιοι Κρήτες, στα σπίτια τους είχαν την σημαία της Ένωσης), υποχρεωτική ήταν η ανάρτηση και της τουρκικής σημαίας στην «αυτόνομη» Κρητική Πολιτεία:
– Ο ύπατος αρμοστής θέλει αναγνωρίσει την Υψηλήν επικυριαρχίαν του Σουλτάνου και θέλει λάβει μέτρα προς διαφύλαξιν της τουρκικής σημαίας, ήτις κατά την υπόσχεσιν την υπό των 4 δυνάμεων δοθείσαν, θα υψώται εις τι των οχυρωμένων σημείων της νήσου.
(Από την Ιστορία του Ελληνικού έθνους, τόμος ΙΔ σελ. 199)
Διακρίνεται η σημαία της Κρητικής Πολιτείας σε ομιλία του Πρίγκιπα Γεωργίου, κατά την ανακήρυξη της ανεξαρτησίας της Κρήτης
