Για τον Μακαριστό Αρχιεπίσκοπο Κρήτης Τιμόθεο και για την προσπάθειά του να στήσει το λαμπρό οικοδόμημα της Παναγίας της Καλυβιανής, έγραφε χαρακτηριστικά ο επίσης Μακαριστός Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Άνθιμος:
«Σε λίγο ένας τιτάνιος αγώνας αρχίζει για τη δημιουργία μιας σύγχρονης Βασιλειάδας στους χώρους της παλαιάς ιεράς Μονής της Παναγίας της Καλυβιανής. Όπως ο ίδιος ομολογεί κάμποσα χρόνια αργότερα:
Κανείς δεν ημπορεί να μετρήσει τους κόπους και να μετρήσει τους κόπους και να ζυγίσει τους ιδρώτες που εχρειάστηκαν σε τούτο τον αγώνα. Τώρα όμως ημπορεί εύκολα και ο απλός επισκέπτης και προσκυνητής να διαπίστωση με συγκίνηση και χαρά, πως μέσα στα αναρίθμητα θαύματα, που έκαμε η χάρη της Παναγίας σε τούτο τον τόπο από τα παλιά χρόνια, πρόσθεσε και ένα μεγάλο και μόνιμα θαύμα. Έβαλε κάτω από τα φτερά της ένα ολόκληρα συγκρότημα φιλανθρωπικών ιδρυμάτων, που διαλαλούν την πίστη στο Θεό και την αγάπη στον άνθρωπο»!
(Η Παναγία Καλυβιανή και τα Ιδρύματα, Μοίρες 1978, σ. 25)
Ήδη από το θέρος του 1958 αρχίζουν οι εργασίες ανεγέρσεως του Ιδρύματος Στοργής (Ορφανοτροφείο θηλέων).
Το 1961 το Ιερό Προσκύνημα της Καλυβιανής παίρνει νομική υπόσταση ως γυναικεία κοινοβιακή Μονή, στελεχώνεται με Μοναχές, που θα υπηρετούν τα Ιδρύματα, και κατασκευάζονται οι αναγκαίοι για την διαβίωση τους χώροι.
Το 1962 ιδρύεται ο Οίκος Ευγηρίας (Γηροκομείον) ‘‘Άγιοι Δέκα’’.
Το 1965 η Οικοκυρική Σχολή ‘‘ Η Αγία Σκέπη’’.
Το 1967 το Ίδρυμα Παιδικής Προστασίας ‘‘Η Θεοτόκος’’.
Το 1969 η Διαρκής Έκθεση.
Το 1970 το Τυπογραφείο.
Το 1971 το Ίδρυμα Νεανίδων ‘‘Η Αγία Φιλοθέη’’.
Το 1974 η Σχολή Κοπτικής-Ραπτικής ‘‘Ο Ευαγγελισμός’’.
Παράλληλα λειτουργούν Δημοτικό Σχολείο για τα παιδιά του Ορφανοτροφείου και της Παιδικής Προστασίας, Εργαστήρια Υφαντικής, Πλεκτικής, Ιερορραπτικής και Αγιογραφίας, Μουσείο, ανεγείρονται το Πνευματικό Κέντρο και οι Ξενώνες και ιδρύονται οι Κατασκηνώσεις στον Κόκκινο Πύργο.
Μια αληθινή πολιτεία του Θεού με την Παναγία να τη σκέπει και μια δραστήρια κυψέλη αγάπης με τον ‘‘Πατέρα’’ Τιμόθεο να την εμπνέει και να την καθοδηγεί» και μετά την Κοίμησή Του.
