Ο λόφος της Φαιστού (γνωστή η περιοχή και ως Μέλικας) δεν έχει μόνο ιστορική και αρχαιολογική ιστορία, αλλά και θρησκευτική, καθώς στο πέρασμα των χρόνων φιλοξένησε σημαντικά μοναστικά και λατρευτικά κέντρα. Στους πρόποδες του λόφου (περιοχή Λούτρα του οικισμού Αγίου Ιωάννου), υπήρχε βαπτιστήριο.
Την ίδια περιοχή επέλεξε ο τοπικός Άγιος Ιωάννης ο Ξένος (από το χωριό Σίβα και γεννήθηκε περί το 970 μ.Χ.), όπου έκτισε ναό αφιερωμένο στον Άγιο Γεώργιο. ‘Όπως αναφέρει στη διαθήκη του «…εύρον έτερον τόπον του λεγομένου του Μέλικος και επάνω του χαμοβουνίου ανελθών ανοικοδόμησα τον Άγιον Γεώργιο τον Δούβρικαν, ένθα ούτε ξύλον ευρίσκεται, ούτε χόρτον χλωρόν, αλλά πάντοτε ξηρός ην ο τόπος και τρόπον τινά επεννοηθείς εποίησα δεξαμενήν εις το υποδέχεσθαι το ύδωρ…». Τις στέρνες τις βρήκε χίλια χρόνια μετά ο L. Pernier, κατά τη διάρκεια των ανασκαφών της Φαιστού.
Δεν γνωρίζουμε που ακριβώς βρισκόταν ο ναός που έκτισε ο Άγιος. Και τούτο γιατί ο τύπος των ναών που έκτιζε ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος ήταν σταυροειδής με τρούλο, όπως δηλαδή ο ναός του Αποστόλου Παύλου στο κοιμητήριο του Αγίου Ιωάννου. Ο σημερινός ναός είναι μεταγενέστερος, ενώ το μοναστήρι κατάφερε να επιβιώσει και μετά την τουρκική κατάκτηση. Η Μονή της Φλάνδρας έγινε – άγνωστο γιατί – ενώθηκε την Ιερά Μονή Αρκαδίου, με απόφαση του Οικουμενικού Πατριάρχη Ιερεμία του Ι΄ το 1723. Σε έγγραφα της εποχής αυτής συναντούμε διάφορα ονόματα μοναχών, ενώ τελευταία μαρτυρία για το μοναστήρι, πριν την επανάσταση του 1821, είναι αυτή του περιηγητή F. W. Sieber, που το αναφέρει ανάμεσα στα μοναστήρια της Κρήτης.
Όμως η επανάσταση του 1821, διέκοψε την ιστορική πορεία της μονής που κράτησε 8,5 αιώνες. Το μοναστήρι καταστράφηκε και «…οι μοναχοί κατά την παράδοσιν εφονεύθησαν και διεσκορπίσθησαν, τα δε κτήματα αυτής εδημεύθησαν και κατελήφθησαν υπό των πλησιόχωρων ισχυρών Μουσουλμάνων…». Δεν γνωρίζουμε πόσους μοναχούς είχε τότε το μοναστήρι, πόσοι θανατώθηκαν και που θάφτηκαν. Σίγουρα όμως δέχτηκαν το μένος των Τούρκων, εξ αιτίας πιθανής τους συμμετοχής στην Κρητική επανάσταση. Είναι γνωστό ότι στην περιοχή ζούσαν φοβεροί Γενίτσαροί με γνωστότερο τον Αγριολίδη, που σκοτώθηκε από τους επαναστάτες το 1828.
Για την ιστορία να σημειώσουμε ότι η ονομασία της Μονής «Φλάνδρας ή Φαλάνδρας», προέρχεται – κατά το Νικόλαο Σταυρινίδη – από παραφθορά της λέξης «Φιλάνδρα», που σημαίνει κλωστήριο. Ίσως οι Μοναχοί του Αγίου Γεωργίου να ασχολούνταν με την μεταξοκαλλιέργεια και διέθεταν κλωστήριο από την εποχή της Ενετοκρατίας.
