Ορόσημο για το Ρέθυμνο, ολόκληρη την Κρήτη, αλλά και τον απανταχού Ελληνισμό, η ύπαρξη της Ιεράς Μονής Αρκαδίου με την ιστορικότερη των στιγμών για έναν αγώνα ενός λαού, αυτόν του ολοκαυτώματος του Αρκαδίου.
Εκατόν πενήντα χρόνια από την 9η Νοεμβρίου 1866, τότε που ο Κωστής Γιαμπουδάκης ως ο επικρατέστερος που άναψε το φιτίλι, ανατινάζει την μπαρουταποθήκη της μονής μέσα στην οποία, σύμφωνα με τα ιστορικά στοιχεία, υπήρχαν 325 άνδρες, 40 μοναχοί και γυναικόπαιδα. Θυσία που συντάραξε τον Δυτικό Κόσμο, ανεβάζοντας τη θυσία των Κρητικών σε επίπεδο που ξεπερνούσε τις άλλες θυσίες κατά τον αγώνα των Κρητικών για ελευθερία.
Η μονή Αρκαδίου ξεσήκωσε τα φιλελληνικά αισθήματα της Ευρώπης, δίνοντας μία άλλη διάσταση στην πολιτική των Ευρωπαϊκών Δυνάμεων για την αντιμετώπιση του Κρητικού ζητήματος, σύμφωνα και με τα πρωτοσέλιδα των εφημερίδων της εποχής, τα οποία και εκτίθενται στην αίθουσα εκδηλώσεων του Ιστορικού και Λαογραφικού Μουσείου Ρεθύμνου, με τίτλο «Μαρτυρίες για τη Μονή Αρκαδίου».
Σύμφωνα μάλιστα με τον πρώην διευθυντή της Δημόσιας Κεντρικής Βιβλιοθήκης Ρεθύμνου και επιμελητή της έκθεσης Γιάννη Παπιομύτογλου, Νοέμβριο και Δεκέμβριο του 1866 ο αντίκτυπος του ολοκαυτώματος και της θυσίας, κατακλύζει τα πρωτοσέλιδα δεκαεννέα εφημερίδων στην Αθήνα, δεκαπέντε, εφημερίδων σε διάφορες πόλεις της Ελλάδας σε Τεργέστη, Κωσταντινούπολη και Σμύρνη.
Είκοσι χιλιόμετρα από την πόλη του Ρεθύμνου, η Μονή Αρκαδίου -μοναστήρι του 12ου αιώνα- στη δυτική πλευρά του Ψηλορείτη, φιλοξενεί, το επαναστατικό πνεύμα και την θέληση για ελευθερία των Επαναστατών κατά της τούρκικης σκλαβιάς που για 250 χρόνια κατείχαν το νησί.
Σύμφωνα με την ιστορία, το Σεπτέμβριο1866 φτάνει στο Αρκάδι ο συνταγματάρχης του Ελληνικού Στρατού Πάνος Κορωναίος, συνοδευόμενος από εθελοντές, από όλα τα μέρη της ελεύθερης Ελλάδας, οπότε και αναλαμβάνει με έδρα το Αρκάδι, αρχηγός της Επανάστασης. Οργανώνει στρατηγικά τους χώρους στην μονή Αρκαδίου, δημιουργεί οχυρώματα και οργανώνει την σύμπραξη με άλλες ομάδες από διάφορες επαρχίες του τόπου. Ζητάει να φύγουν τα γυναικόπαιδα και να πάρουν μαζί τους περιουσία και κειμήλια του μοναστηριού. Επόμενη του κίνηση να πάει ο ίδιος να οργανώσει επαναστατικό στρατό, ώστε να χτυπήσουν τελικά τον Μουσταφά Πασά και το στράτευμα του.
Μέσα στο μοναστήρι, όμως, είχε ανδρωθεί η ιδέα της ελευθερίας η οποία από τον Ηγούμενο Μαρινάκη και τον οπλαρχηγό Δασκαλάκη, ολοένα και εντείνεται, ενώ τα γυναικόπαιδα αρνούνται να εγκαταλείψουν τη μονή… Ξημερώματα της 8ης Νοεμβρίου ο τούρκικος στρατός ζώνει το μοναστήρι. Πάνω από 15.000 τούρκοι έξω από τα τείχη του μοναστηριού και μέσα όλες οι ψυχές με την ιδέα της ελεύθερης Κρήτης να παρακολουθούν τη θεία λειτουργία για την εορτή των Αρχαγγέλων. Μετάλαβαν των Αχράντων Μυστηρίων κατανοώντας πλήρως την κατάσταση στην οποία βρισκόταν και… ξεκίνησε η Μάχη.
Οι Τούρκοι με την βοήθεια κανονιών προσπαθούσαν να εισέλθουν στην Μονή. Για ολόκληρη την ημέρα οι Κρητικοί έδιναν τον αγώνα τους, ενώ στα μετόπισθεν των Τούρκων, ο συνταγματάρχης Πάνος Κορωναίος, μαζί με επαναστάτες από τις επαρχίες Μυλοποτάμου και Αμαρίου, χτυπούσαν τους Τούρκους προσπαθώντας να ενισχύσουν την αντίσταση των εγκλωβισμένων στο Μοναστήρι.
Οι απώλειες, τόσο των Τούρκων όσο και των Κρητικών ήταν μεγάλες. Ξημέρωμα της 9ης Νοεμβρίου, όλα πλέον έδειχναν πως πρόκειται για τις τελευταίες ώρες της άνισης μάχης. Τελικά οι Τούρκοι, με την βοήθεια ενός μεγάλου κανονιού, κατάφεραν να προσεγγίσουν και με ασφάλεια να χτυπούν την σιδερένια και τεράστια πόρτα του Μοναστηριού. Όσοι έχουν απομείνει -ο ηγούμενος Μαρινάκης είναι ήδη νεκρός- μαζί με τα γυναικόπαιδα, κλείνονται στην μπαρουταποθήκη και με το που εισέρχονται οι Τούρκοι στη μονή το φυτίλι ανάβει και σκορπά το θάνατο σε Κρητικούς και Τούρκους.
Τρεις κρητικοί διαφεύγουν, εκατόν δέκα περίπου αιχμαλωτίζονται και μεταφέρονται στο Ρέθυμνο, ενώ όλοι οι υπόλοιποι κείτονται νεκροί μέσα στο πέπλο της απόλυτης θυσίας για την Ελευθερία. Πάνω από 1.500 Τούρκοι έχουν χάσει την ζωή τους και το μήνυμα του ολοκαυτώματος από εκείνη την ώρα ξεκινάει το ταξίδι του σε ολόκληρο τον κόσμο. Μία επιγραφή, θυμίζει ακόμη και σήμερα την μεγάλη θυσία:
«Αυτή η φλόγα π’ άναψε μέσα εδώ στη κρύπτη
κι απάκρου σ’ άκρο φώτισε τη δοξασμένη Κρήτη
ήτανε φλόγα του Θεού μέσα εις την οποία
Κρήτες ολοκαυτώθηκαν για την Ελευθερία».
Εκατόν πενήντα χρόνια, η μνήμη των επόμενων γενεών δε στέρεψε για το Αρκάδι και κάθε χρόνο πλήθος εκδηλώσεων κατακλύζουν το Ρέθυμνο, αλλά και άλλα μέρη σε Ελλάδα και τον υπόλοιπο κόσμο όπου ζουν Κρητικοί.
Αυτές τις ημέρες στο Ρέθυμνο, πέρα από τον επίσημο σημαιοστολισμό, εκδηλώσεις τιμής, ημερίδες, εκθέσεις, μουσικές και άλλες παραστάσεις, πολιτιστικά για το Ολοκαύτωμα δρώμενα πραγματοποιούνται τόσο από την αντιπεριφέρεια όσο και από τη δημοτική αρχή, με στόχο να τιμηθεί η υπέρτατη πράξη που συντελέσθηκε στο νησί, με στόχο να σπαρθεί το μήνυμα της ελευθερίας για τον άνθρωπο.
Το Ολοκαύτωμα του Αρκαδίου το 1866, έχει χαρακτηριστεί από τους ιστορικούς, ως ένα από τα δραματικότερα γεγονότα της ιστορίας της Κρήτης με διεθνές αντίκτυπο, στην Ευρώπη στην Ασία και στην Αμερική, αντίκτυπο που είχε ως ιστορικά καταγεγραμμένο αποτέλεσμα πλήθος φιλοκρητικών και φιλελληνικών εκδηλώσεων.