Οικισμός του Δ. Δ. Καμηλαρίου με υψόμετρο 45 μ.
Ο οικισμός αναφέρεται από τον Fr. Barozzi το 1577 ως Agios Janus Melingha και από τον Καστροφύλακα ως S. Zuanna Meligha το 1583 με 89 κατ.
Στην πρώτη τούρκικη απογραφή το 1671 αναγράφεται Ayo Yanni με 18 χαράτσια (7 πλουσίων, 5 μεσαίας τάξεως και 6 πτωχών οικογενειών).
Στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 (Pashley) γράφεται Haghio Ianni, με 8 χριστιανικές οικογένειες και 3 μουσουλμανικές.
Τον Μάιο του 1845 οι Τούρκοι σκοτώνουν στο Ηράκλειο το νεομάρτυρα Ιωάννη γνωστό και ως Αρναουτογιάννη.
Στην έκθεση ωμοτήτων (επανάσταση 1866), που δημοσίευσε στα Κρητικά Χρονικά η Κατίνα Τσατσαρωνάκη αναφέρει: «Τας εκκλησίας Άγιος Γεώργιος και Άγιος Ιωάννης βεβηλώσαντες έκαυσαν. Τας δε εικόνας άλλας μεν επώλησαν, άλλας δε κατέκαυσαν. Εν τη μάχη εφονεύθησαν ο Ιωάννης Μαργιολάκης ετών 50 εις Γέργερη 28 Σεπτεμβρίου 1866 ορφανά 7. Ο Εμμανουήλ Σπυριδάκης ετών 40 εις Γέργερη 28 Σεπτεμβρίου 1866 ορφανά 5. Τον υποταγμένον Κωνσταντίνον Αρναουτάκην συλλαβόντες καθ΄ οδόν εφόνευσαν».
Στην απογραφή του 1875 που διενήργησε ο υποπρόξενος της Ρωσίας Ι. Μητσοτάκης, ο Άγιος Ιωάννης κατοικείται από 100 χριστιανούς κατοίκους (10 οικογένειες) (Αλ. Ανδρικάκης, Στατιστική 1875 έτους, ένθετο εφ. ΠΑΤΡΙΣ, (Φεβρουάριος 2008)
Στην απογραφή Σταυράκη (1881) το χωριό ανήκει στο Δήμο Τυμπακίου και έχει 151 χριστιανούς κατοίκους (80 άρρενες και 71 θήλεις – 44 οικογένειες).
Το 1894 ο Άγιος Ιωάννης κατοικείται από 44 Ελληνικές οικογένειες. Σημειώνει μάλιστα ότι «Παρά του χωρίου τούτου υψούται χθαμαλός γήλοφος εφ΄ ου σώζωνται τα ερείπια της αρχαίας πόλεως της Φαιστού». (Νικόστρατου Θ. Καλομενόπουλου, Κρητικά, Εν Αθήναις 1894 και ένθετο εφ. ΠΑΤΡΙΣ, (Φεβρουάριος 2008).
Το 1900 στην πρώτη απογραφή της Κρητικής Πολιτείας, ο οικισμός συνεχίζει να ανήκει στον ίδιο Δήμο και έχει συνολικά 125 κατοίκους (67 άνδρες και 58 γυναίκες).
Το 1903 ο Ιωάννης Νουχάκης (Κρητική Χωρογραφία) αναφέρει ότι «…είναι μικρά κώμη εν η τη 15 Αυγούστου 1828 οι υπό τον Μαλικούτην Έλληνες επετέθησαν κατά τον περί Αγριολίδην Τούρκων, εξ ων τους πλείστας εφόνευσαν. Είναι πατρίς του Αδαμάκη, εφονεύθη δε αυτόθι τω 1811 ο επίσημος Κρης Λόγιος υπό του Αγριολίδη».
Άλλες απογραφές:
1920 – 89 κατ. (αγροτικό δήμο Καμηλαρίου)
1928 – 89 κάτ. (κοινότητα Καμηλαρίου)
1940 – 113 κάτ.
1951 – 134 κατ.
1961 – 100 κάτ.
1971 – 92 κάτ.
1981 – 74 κάτ.
1991 – 103 κατ.
2001 – 88 κάτ.
2011 – 65 κάτ.
Ο Άγιος Ιωάννης το 1920 ανήκει στον αγροτικό Δήμο Καμηλαρίου.
Το 1928 στην κοινότητα Καμηλαρίου.
Το 2001 στον καποδιστριακό Δήμο Τυμπακίου και το 2011 στον καλλικρατικό Δήμο Φαιστού.
Το σχολείο του χωριού ιδρύθηκε το 1945 (αρ. απ.: 318/29-12-1945) ως 1/τάξιο με 34 μαθητές. Λειτούργησε ως το τέλος της δεκαετίας του 1980, οπότε και συγχωνεύθηκε με το Δ. Σ. Πετροκεφαλίου.
Οι κάτοικοι ασχολούνται με τον τουρισμό και τη γεωργία (ελιές), ενώ υπάρχουν και λίγοι κτηνοτρόφοι. Υπάρχουν ταβέρνες με κύριο μενού το κουνέλι…
Αρχαιότερη αναφορά του τοπωνυμίου είναι το1303-1304, αναφερόμενη στην κτητορική επιγραφής της εκκλησίας του Αγίου Παύλου ναού του 14ου αιώνα που βρίσκεται ένα νοτιοδυτικά του οικισμού.
Σήμερα η τοποθεσία λέγεται και Λούτρα επειδή πιθανότατα να βρισκόταν εκεί βαπτιστήριο και συγκεκριμένα σε αυτόν εδώ το χώρο φαίνεται να κατοίκησαν στην πρωτοβυζαντινή περίοδο οι τελευταίοι κάτοικοι της Φαιστού των Ρωμαϊκών χρόνων.
Ο Άγιος Ιωάννης του Μέλικα αναφέρεται επίσης και σε χρησμό του Λέοντος του Σοφού το 1508. Επίσης άλλος οικισμός με την ονομασία δεν υπάρχει στην Κρήτη δηλαδή Μέλικα.
Στο χωριό αυτό κατοικούσε ο αιμοβόρος γενίτσαρος Αγριολίδης ο οποίος σκοτώθηκε το 1828 από τον αγωνιστή Νικόλαο Μαλικούτη και ο σκοτωμός του ήταν αφορμή για να γίνει σφαγή 1000 ανθρώπων στο Μεγάλο Κάστρο.
Στο ύψωμα της Φαιστού βρίσκεται ο Ιερός Ναός του Αγίου Γεωργίου της Φλάνδρας.
