H παλαιότερη ιστορία της μονής Αρκαδίου δεν είναι ιδιαίτερα γνωστή.
H ίδρυση της μονής εικάζεται να έγινε κατά τη δεύτερη Bυζαντινή περίοδο (961-1204) ή κατά τις αρχές της Bενετοκρατίας στην Kρήτη.
Σε κάθε περίπτωση, όμως, ήταν ένα θρησκευτικό κέντρο με ανθηρή πνευματική και οικονομική ζωή (Βλάχος, 1953). Η παράδοση αναφέρει πως η θεμελίωση της έγινε από τον αυτοκράτορα του Βυζαντίου Ηράκλειο, ενώ ανοικοδομήθηκε από τον αυτοκράτορα Αρκάδιο τον 5ο αι. μ. Χ., ο οποίος της έδωσε και το όνομα της.
Σύμφωνα όμως με επιστημονική έρευνα που έχει συντελεστεί αφενός η ίδρυση, και αφετέρου και η ονοματοδοσία της μονής προέρχονται από έναν μοναχό που έφερε αυτό το όνομα (Βλάχος, 1953), όπως συνέβαινε σε πολλές Μονές της Κρήτης (Βενέρης, 1938).
Αναφορικά με την κατασκευή του κεντρικού δίκλιτου ναού της μονής, φαίνεται πως χτίστηκε αρχικά τον 14ο αιώνα και ανακαινίστηκε το 1587, οπότε και αφιερώθηκε στον Άγιο Κωνσταντίνο και τη Μεταμόρφωση του Σωτήρος.
Τότε ο ναός αναδιοργανώθηκε ριζικά και απέκτησε την εντυπωσιακή σημερινή του πρόσοψη σε στυλ μπαρόκ.
Η ανακαίνιση αυτή έγινε με πρωτοβουλία των οικογενειών Xορτάτση και Kαλλέργη του Ρεθύμνου, με σκοπό την κάλυψη των τότε αυξημένων αναγκών του μοναστηρίου, καθώς από εκείνη την εποχή και έως τη λήξη της Bενετοκρατίας ήταν πολιτιστικό και πνευματικό κέντρο της περιοχής.
Ωστόσο, την περίοδο της Tουρκοκρατίας η πνευματική ακμή του μοναστηριού σταμάτησε, καθώς οι Τούρκοι κατέλαβαν και λεηλάτησαν τη μονή.
Το 1669 ο Πορθητής πασάς έδωσε διαταγή που απαγόρευε να χτυπούν τις καμπάνες σε όλες τις εκκλησίες και τα μοναστήρια του νησιού, αλλά ο ιεροδιάκονος της μονής, Νεόφυτος Πατελάρος, που γνώριζε τουρκικά, γέμισε με πολλά δώρα τον πορθητή παρακαλώντας τον να επιτρέψει τη χρήση της καμπάνας μόνο στη Μονή του Αρκαδίου.
Έτσι, ο πασάς έκανε δεκτό το αίτημα του, αφού δέχτηκε τα πλούσια δώρα και εκτίμησε τον ιεροδιάκονο, ο οποίος ήταν ο μοναδικός που τον επισκέφθηκε.
Εξαιτίας αυτού του συμβάντος η Μονή Αρκαδίου την περίοδο εκείνη αποκαλούταν “Τσανλί-Μαναστίρ” που σήμαινε “ζωντανό Μοναστήρι”.
Πολύ σύντομα, μάλιστα, της επετράπη να λειτουργεί με ορισμένα επιπλέον προνόμια, όπως η φύλαξη από συγκεκριμένη φρουρά.
Μάλιστα από τον 18ο αιώνα και μετά η μονή Αρκαδίου θεωρούταν η πιο γνωστή και σημαντική ολόκληρης της Κρήτης, συγκεντρώνοντας πολλούς επισκέπτες κάθε χρόνο (Φραγκάκης, 1996).
Ο ρόλος της και η ενεργή συμμετοχή της μονής στους εθνικούς απελευθερωτικούς αγώνες της Ελλάδας υπήρξε ισοδύναμη με το πνευματικό της έργο.
Από τα μέσα του 1830 μετατράπηκε σε θρησκευτικό και εθνικό κέντρο της περιοχής με σημαντική ιστορική δράση.
Το ιστορικό γεγονός που αναμφίβολα έχει καταστήσει τη μονή σύμβολο αυτοθυσίας και ελευθερίας ήταν το ολοκαύτωμα του Αρκαδίου τη νύχτα της όγδοης προς ενάτης Νοεμβρίου του 1866 κατά τη διάρκεια της Κρητικής Επανάστασης (1866-1869).
Συγκεκριμένα, η τουρκική κυριαρχία στην Κρήτη συνεχιζόταν για περίπου 250 χρόνια με τον κρητικό λαό να προβαίνει συχνά σε εξεγέρσεις, οι οποίες οδήγησαν στην επανάσταση του 1866.
Ειδικότερα, οι επαναστάτες είχαν αρχίσει να συγκεντρώνονται στο Αρκάδι από τις 3 Μαρτίου του 1866 και το Μάιο του ίδιου έτους είχαν φτάσει τους 1.500 πολεμιστές από όλο το νησί.
Ο αρχικός τους σκοπός ήταν η εκλογή πληρεξουσίων για όλες τις επαρχίες της Κρήτης (Βλάχος, 1953).
Η τουρκική ηγεσία ζήτησε από τον ηγούμενο Γαβριήλ Μαρινάκη να απομακρύνει την Επαναστατική Επιτροπή από τη μονή απειλώντας τον ότι θα την καταστρέψουν αλλά ο ηγούμενος αρνήθηκε.
Στις 24 Σεπτεμβρίου έφτασε εκεί ο συνταγματάρχης του ελληνικού στρατού, Κορωναίος, ο οποίος και εκλέχτηκε αρχηγός της επανάστασης.
Αν και ο Κορωναίος θεώρησε πως η τοποθεσία της μονής δεν ήταν κατάλληλη για άμυνα, ο Ηγούμενος Γαβριήλ δε θέλησε να την εγκαταλείψει.
Για το λόγο αυτό, ξεκίνησε να κάνει αμυντικά έργα, όρισε φρούραρχο της μονής τον ανθυπολοχαγό Ι. Δημακόπουλο και ο ίδιος πήγε στις επαρχίες για να στρατολογήσει πολεμιστές (Βλάχος, 1953).
Η επίθεση του τουρκικού στρατού, ο οποίος αποτελούταν από 15.000 άντρες και υποστηριζόταν από 30 κανόνια υπό την ηγεσία του Μουσταφά Ναϊλή Πασά, ξεκίνησε στις 8 Νοεμβρίου.
Αρχικά, ο πασάς ζήτησε από τον ηγούμενο να παραδοθούν, αλλά και πάλι ο ηγούμενος με θάρρος αρνήθηκε.
Την πρώτη ημέρα, οι Έλληνες έδειξαν γενναία αντίσταση, όμως την επόμενη ημέρα ο εξωτερικός κλοιός της άμυνας έσπασε και οι τουρκικές δυνάμεις κατάφεραν να εισέλθουν στον προαύλιο της μονής, ενώ ο ηγούμενος Γαβριήλ σκοτώθηκε (Βλάχος, 1953).
Τότε οι 325 άνδρες και τα 639 γυναικόπαιδα έχοντας στο μυαλό τους σίγουρο το επακόλουθο της αιχμαλωσίας με επικεφαλής τον Κωνσταντίνο Γιαμπουδάκη κλείνονται στην πυριτιδαποθήκη.
Όλοι μαζί αποφάσισαν να πυροδοτήσουν τα βαρέλια με το μπαρούτι και να πεθάνουν, παρά να γίνουν αιχμάλωτοι των Τούρκων.
Η έκρηξη κατέστρεψε ολόκληρη τη μονή και οδήγησε σε θάνατο πολλούς Έλληνες, αλλά και Τούρκους.
Ωστόσο, ακόμα και μετά την ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης ορισμένοι πολεμιστές συνέχισαν να μάχονται στο προαύλιο της μονής εναντίον των Τούρκων με επικεφαλής τον Ι. Δημακόπουλο, ο οποίος παραδόθηκε όταν δέχθηκε εγγυήσεις για τη ζωή των τελευταίων που αντιστέκονταν μέσα από τα ερείπια.
Μολαταύτα, ο ίδιος όπως και πολλοί άλλοι εκτελέστηκαν (Φραγκάκης, 1996).
Μετά την καταστροφή αυτή η Μονή Αρκαδίου αναστηλώθηκε πλήρως κατά την προηγούμενη του μορφή.
Ωστόσο, και μετά το ολοκαύτωμα η μονή συνέχισε να έχει ενεργό δράση και κατά την περίοδο της γερμανικής Κατοχής προσφέροντας στον ελληνικό λαό τα μέγιστα. Εκεί μάλιστα έχει θαφτεί και ο Τιμόθεος Λαγουδάκης, διάκονος της μονής, ο οποίος είχε σημαντική δράση κατά τη διάρκεια της δικτατορίας (Zambettakis, 1954).
Η θυσία της μονής Αρκαδίου αποτελεί το σημαντικότερο γεγονός της σύγχρονης ιστορίας της, καθώς ανέδειξε σε πανευρωπαϊκο επίπεδο το Κρητικό ζήτημα ξεσηκώνοντας τα φιλελληνικά αισθήματα της Ευρώπης και αλλάζοντας την προσέγγιση και την αντιμετώπιση των ευρωπαϊκών δυνάμεων απέναντι σε αυτούς.
