Σαν σήμερα το 1299 – Λήγει η εξέγερση της Κρητικής αριστοκρατίας κατά των Βενετών («Επανάσταση Αλέξη Καλλέργη»), με την παραχώρηση προνομίων.
Εξέγερση Αλέξιου Καλλέργη στο Μυλοπόταμο το 1283
Το 1283 άρχισε στην Κρήτη η μεγαλύτερη επανάσταση της κρητικής αριστοκρατίας εναντίον των Ενετών με αρχηγό τον ισχυρό άρχοντα του Μυλοποτάμου Αλέξιο Καλλέργη. Στην πραγματικότητα προσπάθησε να εξαναγκάσει τους Ενετούς να του παραχωρήσουν ευρύτατα προνόμια και να του αναγνωρίσουν την ανεξαρτησία του. Ήξερε πολύ καλά ότι και η ανεξαρτησία της Κρήτης ήταν αδύνατη αλλά και η ένωσή της με το Βυζάντιο επίσης αδύνατο. Εξασφάλισε την υποστήριξη πολλών αρχοντικών οικογενειών, των παροίκων και του κλήρου και ξεκίνησε το σύστημα μικροπολέμου(guerilla), με το οποίο καταπονούσε και εξαντλούσε τις ενετικές δυνάμεις. Πολύ γρήγορα έγινε κύριος της Δυτικής Κρήτης. Επί δέκα χρόνια ακολούθησε την ίδια τακτική. Αυτό το διάστημα ξέσπασε και ο βενετογενουατικός πόλεμος. Ζήτησαν τη βοήθεια του Καλλέργη και οι Γενουάτες και ο αυτοκράτορας Ανδρόνικος Β’. Ο Καλλέργης αποφάσισε ότι ήταν η στιγμή να αποσπάσει ότι επιθυμούσε από τους Ενετούς. Έτσι στράφηκε στην κατεύθυνση των συνθηκολογήσεων που κατέληξαν στη συμφωνία του 1299. Με αυτήν η Ενετία:
* αναγνώριζε την ηγεμονική θέση του Καλλέργη σε αντάλλαγμα του όρκου πίστης και υπακοής στη Βενετική Πολιτεία.
* Στον Καλλέργη επιστράφηκαν τα κτήματά του και του παραχωρήθηκαν και άλλα.
* Μπορούσε να τα παραχωρήσει σε όποιον ήθελε, μπορούσε να διατηρεί άλογα, να απελευθερώνει παροίκους, να κυκλοφορεί ελεύθερα στις πόλεις και στα φρούρια και να δέχεται κανίσκια.
* Ο Καλλέργης αποκτούσε το δικαίωμα να πακτώσει τα μοναστήρια του δημοσίου και του λατινικού πατριαρχείου, καθώς και τις επισκοπές Μυλοποτάμου και Καλαμώνος. * Επιτρέπεται να εγκατασταθεί στην περιοχή του Αρίου Έλληνας επίσκοπος.
*Δικαιούνταν οι Κρητικοί να μεταβαίνουν εκτός Κρήτης για να χειροτονηθούν και ορίστηκε οι παπάδες, οι διάκονοι και τα παιδιά τους, εφόσον δεν ήταν πάροικοι, να μην είναι «διακρατημένοι πάροικοι».
Η συνθήκη της Βενετίας με τον Αλλέξιο Καλλέργη υπήρξε επωφελής για όλους τους Κρητικούς, άρχοντες, κλήρο και παροίκους. Κατοχυρώθηκαν τα προνόμια των αρχόντων μέσα στο ενετικό καθεστώς. Ο Καλλέργης ισχυροποιείται απέναντι στους Ενετούς και απέναντι στους υπόλοιπους άρχοντες. Το 1304 πουλά στη Βενετία 60.000 μουζούρια σιτάρι. Το 1381 η Βενετία παραχώρησε το προνόμιο της βενετικής ευγένειας στο γιο του Αλεξίου, Γεώργιο Καλλέργη
